La orquesta está dirigida por Alexis Lozano quien toca varios instrumentos musicales entre los que se encuentran el bajo y la trompeta. La agrupación nació en Quibdó, la capital del Chocó, una región costera del Pacífico de Colombia con una gran población afro-colombiana. Lozano comenzó su carrera musical en conjunto con Jairo Varela. Los dos músicos se reunieron cuando todavía eran estudiantes en Bogotá y co-fundaron el grupo Niche, con el que Lozano grabó cuatro álbumes: Al Pasito (1979), Querer es poder (1981), Prepárate Grupo Niche, vol. 2 (1982), y Niche (1983).

Lozano se desvinculó de Varela y fundó su propio grupo, Orquesta Guayacán, que hizo su debut discográfico con el disco Llegó la hora de la verdad lanzado en 1985,1 seguido de La sangre que alborota en 1987 y Guayacán es la orquesta en 1988. Esta encarnación temprana de Orquesta Guayacán cuenta con un cartel como co-fundador de Richie Valdés (voz) y sus hermanos William (timbales) y Julio César Valdés (bajo), junto con Juan Lozano (voz) y Tanenbaum (teclados), aunque Richie y William Valdés dejaron el grupo después del disco Guayacán es la orquesta y se unió a Varela en el Grupo Niche. Lozano encontró sustitutos y continuó hacia adelante.

La orquesta empezó su consolidación a partir de 1990 tanto en Colombia como en Estados Unidos expandiéndose después a Latinoamérica. Algunos de sus éxitos más sobresalientes son: «Te amo, te extraño», «Cada día que pasa», «Un amor a cuenta gotas», «Amalia de noche», «Oiga, mire, vea», «Invierno en primavera», «Como una hoguera», «Mi muchachita», «Un vestido bonito» y «Yolanda», los cuales ocuparon los primeros lugares en las listas de popularidad tanto nacionales como internacionales. La orquesta ha lanzando una serie de álbumes populares desde la década de los 1990 y a la fecha siguen cosechando éxitos aunque con menos trascendencia debido a la popularidad de otros géneros musicales que han dominado las frecuencias radiodifusoras dedicadas a los géneros afro-antillanos como el reggaeton y la bachata.